Cecília Rodrigues é professora catedrática na Faculdade de Farmácia da Universidade de Lisboa e investigadora no Instituto de Investigação do Medicamento. Foi visitante na University of Cincinnati e na University of Minnesota, nos EUA.

Na Faculdade de Farmácia foi presidente de Departamento, vice-presidente do Conselho Científico e cofundadora e vice-presidente da FARM-ID. Criou o Programa Doutoral em Medicamento e Inovação Farmacêutica e o Mestrado em Ciências Biofarmacêuticas. Cofundou e dirigiu a Unidade de I&D. Foi membro do Conselho Científico das Ciências da Saúde e da Vida da FCT. Fez parte da direção da Associação Europeia para o Estudo do Fígado.

Investiga em ciências biofarmacêuticas e biomédicas. Liderou consórcios, coordenou projetos de investigação e publicou livros, capítulos e artigos internacionais e patentes globais. É editora executiva, editora associada e membro do conselho editorial de revistas científicas internacionais e faz parte de painéis internacionais de avaliação de instituições e projetos em ciências médicas e da saúde. É recipiente da medalha Sir Hans Krebs.